Pada Tahun 1907 Belanda mendirikan semacam Rumah Sakit Pembantu yang diberi nama Hulpziekenhuis. Seiring berjalanya waktu Hulpziekenhuis berkembang dan dibuka kembali dengan nama Zending Zienken Huis pada Tahun 1935. Pada tahun 1936 tepatnya pada tanggal 16 Februari, Zending Zienken Huis dipindahkan dari lokasi lama (yang sekarang SD Kristen) ke lokasi baru dimana saat ini RSUD KRT. Setjonegoro berdiri.

Setelah kemerdekaan Republik Indonesia, pada tahun 1946 sampai dengan 1983 Zending Zienken Huis diserahkan ke Kementrian Kesehatan dan dikelola oleh Provinsi Jawa tengah. Pada tahun 1983 RSU Wonosobo diserahkan kepemilikannya kepada Pemerintah Dearah Kabupaten Wonosobo dan ditetapkan sebagai Rumah Sakit Umum Daerah. Penetapan kelas rumah sakit dalam kelas C melalui Keputusan Bupati Kepala Daerah Tk. II Wonosobo Nomor 061.1/035/1983. 

Dengan Peraturan Daerah nomor 13 tahun 2000 RSUD Wonosobo ditetapkan sebagai RSUD Unit Swadana dan selanjutnya ditetapkan sebagai Badan Rumah Sakit Daerah berdasarkan Peraturan Daerah No 26 tahun 2001. Pemberian nama RSUD KRT. SETJONEGORO dikukuhkan dengan SK Bupati no. 445/42/2007 tanggal 16 Pebruari 2007. Nama KRT. Setjonegoro diangkat dari nama Bupati Pertama Kabupaten Wonosobo. Pada Tahun 2022 RSUD KRT. Setjonegoro telah berkembang menjadi Rumah sakit Pendidikan berdasarkan Kepmenkes No: HK.01.07/MENKES/1466/2022. Pada Tahun 2022 RSUD KRT. Setjonegoro juga telah kembali lolos akreditasi dengan predikat Paripurna.