RSUD KRT. Setjonegoro Wonosobo memiliki klinik-klinik spesialis, diantaranya adalah klinik penyakit dalam. Klinik penyakit dalam ini memberikan pelayanan penanganan masalah kesehatan organ dalam tanpa bedah, seperti diabetes melitus, sakit ginjal, sakit lambung, lever, dll. Ditangani oleh dokter ahli penyakit dalam yang profesional dan berpengalaman dibidangnya serta ditunjang dengan fasilitas yang memadai sesuai dengan kebutuhan pasien, keluhan pasien mengenai penyakit dalam dapat ditangani dengan baik.
Untuk Klinik dalam dibagi menjadi 2 Poliklinik yaitu Klinik Dalam 1 dan Klinik Dalam 2 (Klinik Geriatri)
Dokter Spesialis yang praktek :
- dr. Widhi Prassiddha Sunu, Sp.PD
- dr. H. Suprapto, Sp.PD
- dr. Arlyn Yuanita, M.Kes., Sp.PD